合成生物學(xué)是一門(mén)通過(guò)設計、改造或重構生物系統(如基因、代謝通路、細胞等)來(lái)賦予其新功能的交叉學(xué)科,其核心是將工程學(xué)理念引入生物學(xué),構建“設計-構建-測試-學(xué)習”的閉環(huán),開(kāi)發(fā)可預測、可編程的生物系統。自21世紀初以來(lái),基因編輯技術(shù)迭代發(fā)展、DNA合成成本斷崖式下降和大量的自動(dòng)化平臺公司建立與發(fā)展,促使合成生物學(xué)項目從實(shí)驗室到產(chǎn)業(yè)化。合成生物學(xué)項目2023年全球市場(chǎng)規模超200億美元,中國占比近15%,年均增長(cháng)率超過(guò)20%。技術(shù)突破與產(chǎn)業(yè)需求共同驅動(dòng)了合成生物學(xué)項目多樣化發(fā)展。
合成生物學(xué)項目通過(guò)綠色制造路徑替代傳統高污染、高耗能產(chǎn)業(yè)方面日益顯示出優(yōu)勢。弈柯萊生物生物合成四氟吡啶項目,替代傳統需使用氰化物的化學(xué)法,反應步驟從8步縮短至3步,廢水排放減少90%。藍晶微生物的沒(méi)藥醇,作為高端香料,替代德國德之馨。昌進(jìn)生物的乳清蛋白可以替代進(jìn)口乳清粉、微構工場(chǎng)與藍晶微生物的PHA,作為可降解塑料,替代石化不可降解塑料。
合成生物學(xué)項目在解決資源短缺、效率提升方面效果顯著(zhù)。中科院青島能源所的β-欖香烯(抗癌藥物)技術(shù),將生產(chǎn)周期從植物種植提取工藝的3年壓縮至微生物合成的7天;華熙生物人參皂苷項目,通過(guò)改造酵母菌合成生產(chǎn),成本降低至傳統植物提取工藝的1/5,純度提升至98%。
合成生物學(xué)項目在解決環(huán)境污染,推動(dòng)碳中和也有應用落地。凱賽生物蛋白飼料項目,利用秸稈纖維素合成單細胞蛋白飼料,每噸產(chǎn)品可減少2.5噸CO2的排放;首鋼朗澤工業(yè)廢氣回收項目,實(shí)現以CO?為原料,通過(guò)微生物轉化為乙醇,現實(shí)年產(chǎn)5萬(wàn)噸甲醇的規?;慨a(chǎn)。
合成生物學(xué)項目在醫療健康中潛力也巨大。Amyris酵母合成的青蒿素,用于治療間日瘧,耐氯喹的重癥惡性瘧和腦型瘧;浙江醫藥發(fā)酵生產(chǎn)的β-胡蘿卜素,有保護視力、增強免疫力、促進(jìn)生長(cháng)發(fā)育以及維持皮膚健康的功效。
盡管合成生物學(xué)發(fā)展前景廣闊,有“萬(wàn)物皆可合成生物”之勢,但目前來(lái)看,合成生物學(xué)項目仍面臨多重挑戰,技術(shù)層面,基因回路穩定性不足、代謝通路效率低;生產(chǎn)層面,工藝放大后的成本失控,產(chǎn)物分離純化難度高;商業(yè)層面,與傳統化學(xué)法的成本競爭、市場(chǎng)接受度不足。這些問(wèn)題構成合成生物學(xué)項目從實(shí)驗室到工廠(chǎng)的“死亡之谷”。
那么如何判斷合成生物學(xué)項目離產(chǎn)業(yè)化有多遠?
筆者認為,合成生物學(xué)項目的產(chǎn)業(yè)化進(jìn)程需考慮技術(shù)可行性、生產(chǎn)可控性、商業(yè)合理性三個(gè)方面,可以在這三個(gè)維度下設立獨立的核心指標,嘗試性地構建量化評估模型來(lái)判斷合成生物學(xué)項目離產(chǎn)業(yè)化有多遠。
一、技術(shù)可行性維度
技術(shù)可行性維度,也指技術(shù)的成熟性,即從“能用”到“好用”的跨越。包括改造菌株的穩定性與發(fā)酵工藝的可行性?xún)蓚€(gè)方面。
合成生物學(xué)的核心是“細胞工廠(chǎng)”,但突變可能使編輯的目的基因在傳代中失活,代謝負擔與原有代謝失衡導致菌種性能衰退。Zymergen公司產(chǎn)油酵母項目,最初實(shí)驗室階段產(chǎn)油率達30%,但在連續傳代50次后產(chǎn)油率下降至5%,最終因改造菌株穩定性不足而項目失敗。后來(lái)采用“基因組安全港”技術(shù),結合適應性進(jìn)化篩選,使菌株穩定性提升至200代以上而項目成功。
在改造菌株的穩定性方面,可以考慮設立傳代穩定性(Passage Stability, PS)與遺傳漂變率(Genetic Drift Rate, GDR)兩個(gè)量化指標。將傳代穩定性(PS)定義為連續傳n代后目標產(chǎn)物產(chǎn)率下降率;遺傳漂變率(GDR)定義為工程菌基因組非目標突變頻率。并根據具體項目的特點(diǎn)設定標準,如建議PS小于10%,GDR小于1e-6/代。如前文中Zymergen公司產(chǎn)油酵母最初的PS達83%時(shí)項目失敗,而后PS控制在8%左右項目成功。
可行性的另一方面包括技術(shù)方案放大的穩定性。實(shí)驗室小試設備與產(chǎn)業(yè)化大發(fā)酵罐的環(huán)境差異極大,溶氧量、剪切力、補料策略等因素均影響產(chǎn)物表達。上海某企業(yè)微生物合成蝦青素項目,在小發(fā)酵罐時(shí)產(chǎn)率達2g/L,放大至工業(yè)10噸罐放大過(guò)程中,最初因溶氧、補料分布不均觸發(fā)乙酸合成途徑,抑制目標產(chǎn)物,導致產(chǎn)率不足0.5g/L而失敗。后來(lái)通過(guò)計算流體力學(xué)模擬優(yōu)化罐體結構,對發(fā)酵罐體及攪拌進(jìn)行改造,并采用在線(xiàn)溶氧探頭動(dòng)態(tài)調節補料策略,使產(chǎn)率提升至1.8g/L。
在發(fā)酵工藝的可行性方面,驗證設備的溫度均一性,傳質(zhì)傳熱均一性,計算及控制線(xiàn)性速率外,可以考慮設立溶氧控制精度(DO Control, DOC)與碳源轉化率(Carbon Conversion Rate, CCR)兩個(gè)量化指標。并將溶氧控制精度(DOC)定義為DO的波動(dòng)范圍,碳源轉化率(CCR)定義為起始碳源到目標產(chǎn)物的轉化率。并根據具體項目的特點(diǎn)設定標準,如建議DOC在±5%以?xún)扰卸閮?yōu)。如前文中微生物合成蝦青素項目,最初觸發(fā)乙酸合成的原因是10噸罐攪拌死角導致DOC大于±30%,采用多層徑向流攪拌槳后,DOC優(yōu)化至±4%。
二、生產(chǎn)可控性維度
生產(chǎn)可控性維度,也指產(chǎn)業(yè)規?;?,即從“克級”到“噸級”的質(zhì)變。包括工藝放大參數化與產(chǎn)品純化可行性?xún)蓚€(gè)方面。
從實(shí)驗室到中試再到量產(chǎn),需建立可控的數學(xué)模型,但放大過(guò)程是非線(xiàn)性的,這常導致項目失敗。華恒生物丙氨酸項目,實(shí)驗室使用50L罐時(shí)通過(guò)pH7.0均質(zhì)控制實(shí)現高產(chǎn),在放大至1000L罐時(shí)因未考慮非均質(zhì)體系的pH梯度分布,導致局部過(guò)酸引發(fā)產(chǎn)物結晶堵塞管路;乳酸積累觸發(fā)菌體應激反應。之后開(kāi)發(fā)“分段調控”模型:前24小時(shí)維持pH7.0促進(jìn)菌體生長(cháng);24小時(shí)后梯度降低pH至6.5誘導產(chǎn)物合成,最終解決。
在工藝放大參數化方面,可以考慮設立體積氧傳質(zhì)系數(kLa)下降率與代謝熱移除效率(Heat Removal Efficiency, HRE)兩個(gè)量化指標,計算放大后kLa下降率與代謝熱移除效率(HRE)。并根據具體項目的特點(diǎn)設定標準,如建議KLa下降率大于20%時(shí),需要更換攪拌或者改變攪拌電機甚至改造發(fā)酵罐體;HRE小于500W/m3時(shí),需要考慮增強冷熱交換。如前文華恒生物丙氨酸項目,最初1000L罐的kLa下降率為35%,導致溶氧不足觸發(fā)乳酸積累。而后通過(guò)更換攪拌,改造發(fā)酵罐體,優(yōu)化轉速至220 rpm,kLa僅下降18%。凱賽生物長(cháng)鏈二元酸項目,采用外循環(huán)冷卻系統,HRE達到800 W/m3,滿(mǎn)足了放大后菌體熱應激問(wèn)題,12萬(wàn)噸級工廠(chǎng)單罐批次成功率達99%。
可控性的另一方面包括下游分離方案的實(shí)踐性與分離成本的可控性。合成生物學(xué)有些項目下游分離成本可以占生產(chǎn)總成本的60%以上,尤其對如低濃度的酶制劑。諾維信纖維素酶項目,最初因發(fā)酵液粘度高無(wú)法直接過(guò)濾,需添加高價(jià)絮凝劑,且無(wú)法高效去除宿主細胞蛋白殘留,導致產(chǎn)品純度不達標而項目失敗。后改用自分泌疏水肽標簽(HP-tag),通過(guò)基因編輯使酶蛋白C端連接疏水肽段,發(fā)酵后通入氮氣形成泡沫,使酶自動(dòng)吸附至氣液界面,刮取泡沫即可獲得純度大于95%的產(chǎn)品,節省離心、層析等步驟成本,使純化成本降低40%。
在產(chǎn)品純化可行性方面,可以考慮設立產(chǎn)物濃度(Product Titer, PT)與單位純化成本(Purification Cost, PC)兩個(gè)量化指標。產(chǎn)物濃度(PT)指發(fā)酵液目標產(chǎn)物的濃度;單位純化成本(PC)指每單位產(chǎn)物的分離成本。并根據具體項目的特點(diǎn)設定標準,如建議PT大于10g/L;PC小于50美元/kg。前文終諾維信纖維素酶項目,最初PT僅8g/L,傳統離心加層析工藝使PC高達120美元/kg,所以項目失敗。而后引入自分泌疏水肽標簽(HP-tag)泡沫分離技術(shù),PT提升至25g/L,PC降至45美元/kg后項目成功。
三、商業(yè)合理性維度
商業(yè)合理性維度,也指產(chǎn)品替代性,即從“技術(shù)優(yōu)勢”到“市場(chǎng)統治”的終極考驗。包括新需求與孵化性,產(chǎn)品性能與技術(shù)壁壘兩個(gè)方面。
合成生物學(xué)項目的產(chǎn)品需明確替代與創(chuàng )造市場(chǎng)。角鯊烯傳統來(lái)源于鯊魚(yú)肝提取,Amyris的生物合成角鯊烯項目,因產(chǎn)品滿(mǎn)足美妝發(fā)展需求,其上馬后就迅速打開(kāi)市場(chǎng)而成功,2022年占據全球30%市場(chǎng)份額。麥角硫因傳統來(lái)源于蘑菇提取,華熙生物的微生物合成麥角硫因項目,其產(chǎn)品純度從85%提升至99%,滿(mǎn)足美妝高端需求,其上馬后就迅速打開(kāi)市場(chǎng)而成功,2023年市占率超50%,成為雅詩(shī)蘭黛抗衰新品核心成分。與之相反的,Amyris前期的生物柴油項目雖可替代石化柴油,但因頁(yè)巖油革命原油價(jià)格2014年從100美元/桶跌至30美元/桶使石化柴油約800美元/噸,而導致失敗。
在新需求與孵化性方面,可以考慮設立替代成本閾值(Replacement Cost Threshold, RCT)與政策激勵效應(Policy Multiplier, PM)兩個(gè)量化指標。定義替代成本閾值(RCT)為生物法產(chǎn)品價(jià)格與傳統法產(chǎn)品價(jià)格的比值;政策激勵效應(PM)為政府補貼與激勵對成本競爭力的提升幅度。并根據具體項目的特點(diǎn)設定標準,如建議RCT低于160%,PM大于1.5。前文中華熙生物的微生物合成麥角硫因項目,產(chǎn)品價(jià)格從5000美元/kg降至800美元/kg時(shí)RCT=160%,政府補貼與激勵PM=1.8而成功;而Amyris前期的生物柴油項目,產(chǎn)品成本3000美元/噸,其RCT=375%而失敗。
商業(yè)合理性維度的另一方面是產(chǎn)品性能與技術(shù)壁壘,需考慮構建“性能+成本+合規”三位一體的壁壘,與合理的專(zhuān)利布局。Bolt Threads的合成蜘蛛絲強度為鋼的5倍,遠超尼龍的強度,幾乎在高端防彈材料市場(chǎng)領(lǐng)域形成壟斷;凱賽生物長(cháng)鏈二元酸(DC12~DC18),通過(guò)其熱帶假絲酵母突變菌株、生產(chǎn)工藝等專(zhuān)利而壟斷全球80%市場(chǎng),項目都非常成功。與之相對的,部分聚乳酸企業(yè)項目因無(wú)法突破D-乳酸含量控制技術(shù),產(chǎn)品性能遜于石油基PET而陷入價(jià)格戰。
在產(chǎn)品性能與技術(shù)壁壘方面,可以考慮設立性能溢價(jià)率(Performance Premium, PP)與專(zhuān)利覆蓋率(Patent Coverage, PC)兩個(gè)量化指標。將性能溢價(jià)率(PP)定義為生物產(chǎn)品性能優(yōu)勢帶來(lái)的溢價(jià)空間;專(zhuān)利覆蓋率(PC)定義為核心菌種、工藝專(zhuān)利數。并根據具體項目的特點(diǎn)設定標準,如建議PP大于30%、PC大于20個(gè)。前文中凱賽生物長(cháng)鏈二元酸項目,PP達50%,PC=142個(gè)而壟斷市場(chǎng);部分聚乳酸企業(yè)項目PP較小而陷入價(jià)格戰。
綜上,個(gè)人設想從三個(gè)維度,六個(gè)方面,設立十二項量化指標,建立評估模型,其閾值可以先是定性用于評估,逐步細化到后面可以通過(guò)測量定量用于賦分,給每個(gè)項目建立一個(gè)評估模型??稍陧椖垦邪l(fā)時(shí),依據此評估模型直觀(guān)揭示項目的短板,如PHA項目需降低PC至20美元/kg;可在項目中試時(shí),依據此評估模型分配資源,如是優(yōu)先攻關(guān)KLa下降率還是PS;還在項目放大時(shí),依據此評估模型進(jìn)行風(fēng)險預警,如根據PP判定是否需重新定位市場(chǎng)以避免成為“平庸替代品”。這樣對于具體的合成生物學(xué)項目,是否就可以判斷其離產(chǎn)業(yè)化有多遠?
更進(jìn)一步地考慮到,隨著(zhù)技術(shù)、產(chǎn)業(yè)與社會(huì )的協(xié)同發(fā)展,下一步合成生物學(xué)項目會(huì )爆發(fā)式增加。在此背景下,我們無(wú)需再立于某個(gè)固定點(diǎn),可以以再豐富或者更廣闊的視野去判斷一些項目,這樣建立起動(dòng)態(tài)的評估模型來(lái)判斷合成生物學(xué)項目離產(chǎn)業(yè)化有多遠。
如AI優(yōu)化代謝通路,通過(guò)機器學(xué)習預測青蒿素合成途徑的限速酶,改造后產(chǎn)率可再提升,成本仍有非常大的下降可能。中科院青能所在對萜類(lèi)合成進(jìn)行的策略?xún)?yōu)化、底盤(pán)優(yōu)化,法尼烯等倍半萜烯項目PT指標提升明顯,使項目離產(chǎn)業(yè)化距離拉近。
如新裝備應用,提升交換與反應效率,降低放大風(fēng)險。光-生物耦合反應器可再次提升藻類(lèi)固碳效率,“氣液雙循環(huán)”反應器可使CO2制乙醇項目產(chǎn)能提升,膜分離-發(fā)酵耦合系統實(shí)現PHA的連續發(fā)酵-提取,而降低PHA類(lèi)項目的PC指標。
如政策驅動(dòng)可使項目從被動(dòng)合規到主動(dòng)引領(lǐng)。周子未來(lái)的細胞培養肉獲準進(jìn)入預制菜供應鏈試點(diǎn),并通過(guò)“透明工廠(chǎng)直播+科普營(yíng)銷(xiāo)”將消費者接受度從2022年的37%提升至2024年的65%,會(huì )顯著(zhù)降低項目RCT的指標。深圳設立合成生物學(xué)專(zhuān)項基金(首期30億元),對中試線(xiàn)建設補貼50%;江蘇對合成生物學(xué)企業(yè)給予設備投資30%補貼,山東設立100億元生物制造基金,并設立合成生物學(xué)“負面清單豁免”試點(diǎn),允許企業(yè)在封閉園區內開(kāi)展如乙醇梭菌工程菌中試;浙江對生物制造企業(yè)給予增值稅“三免三減半”優(yōu)惠,等等政策激勵會(huì )顯著(zhù)提升區域項目的PM指標。
總之,合成生物學(xué)項目的產(chǎn)業(yè)化,本質(zhì)是技術(shù)可行性、生產(chǎn)可控性、商業(yè)合理性的三維發(fā)展,只有在這三個(gè)維度均跨越臨界點(diǎn)的項目,才能最終走出實(shí)驗室,重塑產(chǎn)業(yè)格局。隨著(zhù)技術(shù)、產(chǎn)業(yè)與社會(huì )的協(xié)同發(fā)展,很多合成生物學(xué)項目都會(huì )有動(dòng)態(tài)突破。在高附加值產(chǎn)品方向,如抗癌藥物類(lèi),稀有香料類(lèi)項目,在碳中和剛需方向,如生物燃料類(lèi),CO2轉化類(lèi)項目,在顛覆性材料方向,如自修復生物塑料類(lèi),活體功能材料類(lèi)項目等實(shí)現產(chǎn)業(yè)化推進(jìn),動(dòng)態(tài)評估模型可以判斷它們離產(chǎn)業(yè)化有多遠。
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