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抗體藥物靶點(diǎn)篩選策略

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作者:泰有財  來(lái)源:抗體圈
  2025-02-11
隨著(zhù)生物技術(shù)的飛速發(fā)展,抗體藥物在疾病治療領(lǐng)域展現出巨大的潛力。而有效的靶點(diǎn)篩選是抗體藥物研發(fā)的關(guān)鍵環(huán)節。本文深入探討抗體藥物靶點(diǎn)篩選的多種策略,包括基于疾病機制的靶點(diǎn)發(fā)現、基于基因表達譜的篩選、基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò )的挖掘以及基于高通量技術(shù)平臺的篩選等,并分析各策略的優(yōu)勢與局限性,旨在為抗體藥物研發(fā)人員提供全面且實(shí)用的靶點(diǎn)篩選思路,推動(dòng)抗體藥物的創(chuàng )新發(fā)展。

一、引言

抗體藥物作為一種特異性強、療效顯著(zhù)的生物制劑,在腫瘤、自身免疫疾病、心血管疾病等多種重大疾病的治療中發(fā)揮著(zhù)越來(lái)越重要的作用。其研發(fā)過(guò)程始于靶點(diǎn)的發(fā)現與驗證,合適的靶點(diǎn)是確??贵w藥物能夠精準作用于疾病相關(guān)細胞或分子,從而實(shí)現有效治療的前提。然而,人體生理系統復雜,疾病的發(fā)生發(fā)展涉及眾多細胞類(lèi)型和分子通路,如何從海量的生物信息中篩選出具有成藥潛力的抗體藥物靶點(diǎn),是當前抗體研發(fā)領(lǐng)域面臨的重大挑戰之一。本文將詳細介紹抗體藥物靶點(diǎn)篩選的多種策略,為抗體藥物的研發(fā)提供參考。

二、基于疾病機制的靶點(diǎn)發(fā)現策略

(一)深入研究疾病病理生理過(guò)程

疾病的發(fā)生發(fā)展往往伴隨著(zhù)一系列細胞和分子層面的變化。通過(guò)對疾病病理生理過(guò)程的深入研究,可以發(fā)現那些在疾病發(fā)生中起關(guān)鍵作用的分子。例如,在腫瘤發(fā)生過(guò)程中,癌細胞的增殖、遷移、侵襲以及血管生成等過(guò)程都涉及到特定的信號通路和細胞表面分子。以表皮生長(cháng)因子受體(EGFR)為例,它在多種腫瘤細胞表面過(guò)表達,激活后能夠促進(jìn)腫瘤細胞的增殖和存活,因此成為抗腫瘤抗體藥物的重要靶點(diǎn)。研究人員可以通過(guò)對腫瘤組織與正常組織的對比分析,結合細胞生物學(xué)實(shí)驗,如免疫組化、 Western blot 等技術(shù),確定在疾病狀態(tài)下差異表達或異常激活的分子,為靶點(diǎn)發(fā)現提供線(xiàn)索。

(二)聚焦關(guān)鍵信號通路

細胞內的信號通路是調控細胞生理功能的核心機制,許多疾病的發(fā)生都與信號通路的異常有關(guān)。一些關(guān)鍵信號通路中的分子,如蛋白激酶、轉錄因子等,可能成為抗體藥物的潛在靶點(diǎn)。例如,Wnt 信號通路在胚胎發(fā)育、組織再生以及腫瘤發(fā)生等多種生理病理過(guò)程中發(fā)揮重要作用。當 Wnt 信號通路異常激活時(shí),會(huì )導致細胞增殖失控和腫瘤發(fā)生。針對 Wnt 信號通路中的關(guān)鍵分子,如 Wnt 配體、Frizzled 受體等開(kāi)發(fā)抗體藥物,有望抑制腫瘤細胞的生長(cháng)。通過(guò)對信號通路的研究,可以系統地了解疾病發(fā)生過(guò)程中的分子調控網(wǎng)絡(luò ),挖掘其中具有治療價(jià)值的靶點(diǎn)。

(三)疾病相關(guān)基因的鑒定與功能研究

基因組學(xué)技術(shù)的發(fā)展為疾病相關(guān)基因的鑒定提供了有力工具。通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)、轉錄組測序(RNA - Seq)等技術(shù),可以發(fā)現與疾病發(fā)生發(fā)展相關(guān)的基因變異或表達差異。例如,在類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節炎的研究中,通過(guò) GWAS 發(fā)現了一些與疾病易感性相關(guān)的基因位點(diǎn),這些基因編碼的蛋白質(zhì)可能參與了炎癥反應和免疫調節過(guò)程,從而成為抗體藥物的潛在靶點(diǎn)。在鑒定出疾病相關(guān)基因后,需要進(jìn)一步進(jìn)行功能研究,如基因敲除、過(guò)表達等實(shí)驗,驗證這些基因在疾病發(fā)生中的作用,以及其是否適合作為抗體藥物的靶點(diǎn)。

三、基于基因表達譜的靶點(diǎn)篩選策略

(一)轉錄組學(xué)技術(shù)的應用

轉錄組學(xué)技術(shù)能夠全面分析細胞或組織中的基因表達情況。通過(guò)對疾病組織和正常組織的轉錄組測序,可以獲得大量基因表達差異數據。這些差異表達基因可能與疾病的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān),其中一些具有重要生物學(xué)功能的基因可作為抗體藥物的候選靶點(diǎn)。例如,在對乳腺癌組織和正常乳腺組織的轉錄組分析中,發(fā)現人表皮生長(cháng)因子受體 - 2(HER - 2)在乳腺癌組織中顯著(zhù)過(guò)表達?;谶@一發(fā)現,針對 HER - 2 的抗體藥物曲妥珠單抗被成功開(kāi)發(fā),顯著(zhù)提高了乳腺癌患者的治療效果。除了疾病組織與正常組織的對比分析外,還可以對不同疾病階段、不同病理類(lèi)型的組織進(jìn)行轉錄組分析,挖掘特異性的基因表達譜,為靶點(diǎn)篩選提供更精準的信息。

(二)基因表達數據庫的挖掘

目前,有許多公共基因表達數據庫,如 Gene Expression Omnibus(GEO)、ArrayExpress 等,這些數據庫收錄了大量的基因表達數據。研究人員可以利用這些數據庫,通過(guò)特定的關(guān)鍵詞搜索,如疾病名稱(chēng)、組織類(lèi)型等,篩選出與研究相關(guān)的基因表達數據集。然后,運用生物信息學(xué)工具和算法,對這些數據進(jìn)行分析,挖掘差異表達基因和潛在的靶點(diǎn)。例如,通過(guò)分析 GEO 數據庫中結直腸癌相關(guān)數據,發(fā)現某些基因在結直腸癌的發(fā)生、發(fā)展和轉移過(guò)程中存在顯著(zhù)的表達變化,這些基因有望成為結直腸癌抗體藥物的新靶點(diǎn)。同時(shí),還可以對不同數據庫中的數據進(jìn)行整合分析,提高靶點(diǎn)篩選的準確性和可靠性。

(三)基因表達譜與臨床特征的關(guān)聯(lián)分析

將基因表達譜與患者的臨床特征,如疾病分期、生存率、復發(fā)率等進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,可以篩選出具有臨床意義的靶點(diǎn)。例如,在對肺癌患者的基因表達數據和臨床生存數據進(jìn)行分析時(shí),發(fā)現某些基因的高表達與患者的不良預后相關(guān)。這些基因可能參與了肺癌的侵襲和轉移過(guò)程,針對它們開(kāi)發(fā)抗體藥物可能對改善患者生存率具有重要意義。通過(guò)這種關(guān)聯(lián)分析,可以將基因表達差異與臨床實(shí)際需求相結合,提高靶點(diǎn)篩選的針對性和有效性。

四、基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò )的靶點(diǎn)篩選策略

(一)蛋白質(zhì)相互作用組學(xué)技術(shù)

蛋白質(zhì)相互作用組學(xué)技術(shù)能夠揭示細胞內蛋白質(zhì)之間的相互作用關(guān)系,構建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò )。通過(guò)這些技術(shù),如酵母雙雜交、親和純化 - 質(zhì)譜(AP - MS)等,可以鑒定出與疾病相關(guān)蛋白相互作用的其他蛋白質(zhì)。這些相互作用蛋白可能參與了相同的生物學(xué)過(guò)程或信號通路,在疾病發(fā)生中發(fā)揮協(xié)同作用,因此可作為抗體藥物的潛在靶點(diǎn)。例如,在研究腫瘤免疫逃逸機制時(shí),發(fā)現程序性死亡受體 - 1(PD - 1)與其配體 PD - L1 之間的相互作用能夠抑制免疫細胞的活性,導致腫瘤細胞逃避免疫監視?;谶@一蛋白質(zhì)相互作用,開(kāi)發(fā)了針對 PD - 1 或 PD - L1 的抗體藥物,如帕博利珠單抗、阿替利珠單抗等,有效提高了腫瘤患者的免疫治療效果。

(二)生物信息學(xué)分析在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò )中的應用

利用生物信息學(xué)工具和算法,可以對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò )進(jìn)行分析,挖掘關(guān)鍵節點(diǎn)蛋白和潛在的靶點(diǎn)。例如,通過(guò)網(wǎng)絡(luò )拓撲分析,可以確定在網(wǎng)絡(luò )中具有高度連接度的蛋白,這些蛋白往往在維持網(wǎng)絡(luò )穩定性和功能中起著(zhù)關(guān)鍵作用,可能成為抗體藥物的重要靶點(diǎn)。同時(shí),還可以對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò )進(jìn)行模塊劃分,識別出與疾病相關(guān)的功能模塊,分析模塊內的蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系和生物學(xué)功能,篩選出具有治療價(jià)值的靶點(diǎn)。此外,結合基因表達數據和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò ),可以構建整合的生物網(wǎng)絡(luò )模型,更全面地了解疾病發(fā)生過(guò)程中的分子機制,為靶點(diǎn)篩選提供更豐富的信息。

(三)靶點(diǎn)驗證與功能研究

在基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò )篩選出潛在靶點(diǎn)后,需要進(jìn)行靶點(diǎn)驗證和功能研究??梢酝ㄟ^(guò)基因敲除、RNA 干擾、過(guò)表達等分子生物學(xué)技術(shù),觀(guān)察靶點(diǎn)蛋白在細胞或動(dòng)物模型中的功能變化,以及對疾病相關(guān)表型的影響。例如,在篩選到一個(gè)新的與腫瘤血管生成相關(guān)的蛋白質(zhì)相互作用靶點(diǎn)后,可以通過(guò)構建基因敲除小鼠模型,觀(guān)察腫瘤血管生成和腫瘤生長(cháng)情況的變化,驗證該靶點(diǎn)在腫瘤發(fā)生中的作用,以及其作為抗體藥物靶點(diǎn)的可行性。同時(shí),還可以通過(guò)體外細胞實(shí)驗,如細胞增殖、遷移、侵襲等實(shí)驗,進(jìn)一步評估靶點(diǎn)的功能和抗體藥物的干預效果。

五、基于高通量技術(shù)平臺的靶點(diǎn)篩選策略

(一)噬菌體展示技術(shù)

噬菌體展示技術(shù)是一種高通量的蛋白質(zhì)篩選技術(shù),能夠將外源基因在噬菌體表面表達為融合蛋白,形成噬菌體展示文庫。通過(guò)與特定靶標分子的結合篩選,可以從龐大的噬菌體展示文庫中篩選出具有結合活性的噬菌體克隆,進(jìn)而鑒定出對應的靶點(diǎn)蛋白。例如,在抗體藥物靶點(diǎn)篩選中,可以將疾病相關(guān)細胞或組織提取物作為靶標,與噬菌體展示文庫進(jìn)行篩選,獲得能夠特異性結合靶標的噬菌體克隆。然后,對這些克隆進(jìn)行測序和分析,確定展示的蛋白質(zhì)序列,進(jìn)一步驗證其作為抗體藥物靶點(diǎn)的潛力。噬菌體展示技術(shù)具有篩選效率高、篩選范圍廣等優(yōu)點(diǎn),能夠快速發(fā)現新的靶點(diǎn)蛋白。

(二)高通量測序技術(shù)在靶點(diǎn)篩選中的應用

高通量測序技術(shù)不僅能夠用于基因表達譜分析,還可以與其它技術(shù)相結合,實(shí)現靶點(diǎn)的高通量篩選。例如,在抗體 - 蛋白質(zhì)芯片技術(shù)中,將大量已知抗體固定在芯片表面,與疾病相關(guān)樣本進(jìn)行孵育,通過(guò)高通量測序技術(shù)檢測與抗體結合的蛋白質(zhì)分子,從而篩選出潛在的靶點(diǎn)蛋白。此外,還可以利用高通量測序技術(shù)對基因編輯后的細胞或動(dòng)物模型進(jìn)行全基因組測序,分析基因編輯對靶點(diǎn)蛋白表達和功能的影響,為靶點(diǎn)篩選和驗證提供更全面的數據支持。高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展和應用,為抗體藥物靶點(diǎn)篩選提供了強大的技術(shù)手段,能夠大大提高篩選效率和準確性。

(三)計算機輔助靶點(diǎn)篩選

計算機輔助靶點(diǎn)篩選是利用計算機算法和數據庫,對潛在靶點(diǎn)進(jìn)行預測和篩選。通過(guò)對大量生物分子結構和功能數據的分析,建立靶點(diǎn)預測模型,根據抗體藥物的特性要求,如特異性、親和力、可成藥性等,篩選出可能的靶點(diǎn)蛋白。例如,基于分子對接算法,可以預測抗體與潛在靶點(diǎn)蛋白之間的結合模式和親和力,篩選出具有高親和力和特異性的靶點(diǎn)。同時(shí),還可以利用機器學(xué)習算法,對已知的抗體藥物靶點(diǎn)數據進(jìn)行訓練,建立靶點(diǎn)分類(lèi)模型,對新的候選靶點(diǎn)進(jìn)行分類(lèi)預測,提高靶點(diǎn)篩選的準確性和效率。計算機輔助靶點(diǎn)篩選技術(shù)具有快速、低成本等優(yōu)點(diǎn),能夠在靶點(diǎn)篩選的早期階段提供重要的參考信息。

六、展望

在抗體藥物研發(fā)過(guò)程中,單一的靶點(diǎn)篩選策略往往存在一定的局限性。因此,綜合應用多種靶點(diǎn)篩選策略,能夠提高靶點(diǎn)篩選的成功率和準確性。例如,可以先通過(guò)基于疾病機制的研究確定一些候選靶點(diǎn),再利用基因表達譜分析和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò )挖掘對這些靶點(diǎn)進(jìn)行驗證和拓展,最后結合高通量技術(shù)平臺進(jìn)行進(jìn)一步的篩選和優(yōu)化。同時(shí),隨著(zhù)生物技術(shù)的不斷發(fā)展,新的靶點(diǎn)篩選技術(shù)和方法不斷涌現,如單細胞測序技術(shù)、類(lèi)器官技術(shù)等,為抗體藥物靶點(diǎn)篩選提供了更廣闊的空間和機遇。

未來(lái),抗體藥物靶點(diǎn)篩選將朝著(zhù)更加精準、高效和個(gè)性化方向發(fā)展。一方面,隨著(zhù)對疾病發(fā)生機制的深入理解和技術(shù)手段的不斷完善,將能夠發(fā)現更多具有成藥潛力的靶點(diǎn),為抗體藥物的研發(fā)提供更多的選擇。另一方面,結合患者的個(gè)體差異,如基因背景、疾病亞型等,進(jìn)行個(gè)性化的靶點(diǎn)篩選和抗體藥物開(kāi)發(fā),將有望實(shí)現精準醫療的目標,提高抗體藥物的治療效果和患者生存率。

七、參考文獻

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