小核酸藥物,是近年來(lái)新藥研發(fā)的重要類(lèi)型之一。雖然,其分支ASO、siRNA正處于高產(chǎn)出階段,但仍存在一些技術(shù)問(wèn)題無(wú)法解決。
有研究者將目光聚焦到激活機制的saRNA,以期尋求技術(shù)與領(lǐng)域的突破,并已有產(chǎn)品進(jìn)入到臨床開(kāi)發(fā)。
小核酸藥物「再次出發(fā)」。
01
saRNA發(fā)現歷史&技術(shù)特點(diǎn)
最早提出激活RNA的概念,可追溯到上世紀60年代,有研究者認為存在一類(lèi)只分布于細胞核的RNA,可與受體基因結合,形成序列特異性復合物并誘導相關(guān)基因轉錄對應的RNA。但在當時(shí)并未引起足夠的重視。
2006年,科學(xué)研究發(fā)現在p21、VEGF等多個(gè)基因的一定距離的轉錄起始點(diǎn)啟動(dòng)子區域設計短雙鏈RNA(dsRNA),可上調相應靶基因的表達,并將這種具有靶向激活靶基因的短核苷酸雙鏈命名為saRNA。
saRNA,作為一類(lèi)非編碼RNA,結構類(lèi)似于siRNA,但生物學(xué)功能完全相反。siRNA可以分別與AGO1、AGO2、AGO3和AGO4四種蛋白結合以獲得活性,而saRNA只能被特異性地加載到AGO2蛋白行使功能。
目前接受程度較高的RNAa基因調控模型為:
1)外源性saRNA被加載到細胞質(zhì)中的AGO2蛋白上;
2)AGO2蛋白通過(guò)切割和丟棄其中一條RNA鏈,形成一個(gè)活性的AGO2-RNA復合物,并進(jìn)入細胞核;
3)AGO2-RNA復合物將結合到基因組DNA序列或DNA相連的反義轉錄本序列,進(jìn)一步形成RNA誘導的轉錄激活復合物;
4)該復合物與hnRNPs、RNAPⅡ和各種轉錄因子結合,誘導靶基因表達。
圖1saRNA結構與作用機制
圖片來(lái)源:MolecularTherapy:NucleicAcidsVol.31March2023
02
saRNA藥物設計
相較于siRNA,saRNA技術(shù)的開(kāi)發(fā)投入遠不如siRNA廣泛及具商業(yè)化特點(diǎn)的積累,目前有研究者提出如下序列設計原則:
1)目標序列從靶基因的正義鏈序列上篩選;
2)saRNA靶點(diǎn)選擇在正義鏈轉錄起始位點(diǎn)上游-1200~-200bp的區域;
3)每個(gè)靶點(diǎn)長(cháng)度的堿基數相對固定;
4)靶點(diǎn)堿基的GC含量在40%~65%范圍內;
5)不能夠出現連續4個(gè)以上相同的核苷酸;
6)第19個(gè)堿基是A;第18個(gè)堿基是A或T,最好是A;第七個(gè)堿基最好是T;第20-23個(gè)堿基最好是A或T;
7)選擇目標序列時(shí)避開(kāi)易受DNA甲基化影響的位點(diǎn)。
類(lèi)似于siRNA,saRNA同樣可能引發(fā)脫靶效應,即以序列特異性或非序列特異性的方式誘發(fā)非預期的基因活性。為了避免序列特異性脫靶反應,所設計的序列還應該進(jìn)行序列BLAST以避免與人類(lèi)基因組其他核苷酸序列有顯著(zhù)同源性。另外,saRNA結構的修飾被證明可以阻斷脫靶效應,這部分的工作進(jìn)行的相對廣泛。
圖2特異性上調抑癌基因表達的saRNA序列
圖片來(lái)源:DOI:10.3781/j.issn.1000-7431.2019.55.495
03
saRNA抗腫瘤特點(diǎn)及主要品種
saRNA,通過(guò)作用于基因調控序列的特異位點(diǎn),誘導基因轉錄,這已經(jīng)得到學(xué)者們的普遍認同,并成為新的腫瘤研究熱點(diǎn)。這一點(diǎn)不同于早期的siRNA,以及ASO類(lèi)藥物。
目前,技術(shù)較成熟的小核酸領(lǐng)域藥物當屬ASO和siRNA,但上述二者的獲批適應癥主要集中于遺傳疾病、罕見(jiàn)病領(lǐng)域,眾多已上市品種中,無(wú)腫瘤適應癥獲批。而saRNA開(kāi)發(fā)的起點(diǎn),即以腫瘤領(lǐng)域為主,這大不相同于“傳統”小核酸藥物,這也是其受關(guān)注的重點(diǎn)原因之一。如p21、p53等腫瘤領(lǐng)域著(zhù)名靶基因及靶點(diǎn),均為saRNA開(kāi)發(fā)的方向內容。
圖3激活寡核苷酸靶向腫瘤抑癌基因
圖片來(lái)源:MolecularTherapy:NucleicAcidsVol.31March2023
但由于saRNA藥物開(kāi)發(fā)仍處于早期階段,目前進(jìn)入臨床的品種并不多。最 具代表性的saRNA產(chǎn)品當屬MTL-CEBPA,臨床用于肝癌的治療,目前最高臨床階段為II期。
據文獻報道,CEBPA是一種轉錄因子,可調節肝臟穩態(tài),CEBPA表達下調與多種致癌過(guò)程有關(guān)。研究者將小鼠結腸癌細胞系CT26注射到對抗PD-1治療敏感的小鼠中用以構建小鼠結直腸癌模型,然后注射MTL-CEBPA和PD-1抑制劑。MTL-CEBPA或PD-1抑制劑單獨處理的動(dòng)物腫瘤體積差異并無(wú)統計學(xué)意義,而同時(shí)注射PD-1抑制劑和MTL-CEBPA組的腫瘤體積明顯小于對照組,說(shuō)明MTL-CEBPA和PD-1抑制劑具有協(xié)同作用,且同時(shí)注射PD-1抑制劑和MTL-CEBPA的腫瘤組織CEBPAmRNA表達量更高(8.69倍,P<0.0001)。
另,同樣可重點(diǎn)關(guān)注的品種還有我國國內開(kāi)發(fā)的RAG-01,處于臨床I期,是一款首 創(chuàng )作用機制的特異性靶向激活腫瘤抑制基因p21的雙鏈saRNA藥物,通過(guò)RNAa機制激活p21基因的表達,以抑制腫瘤細胞增殖、誘導細胞凋亡和衰老。臨床前藥效研究表明,通過(guò)開(kāi)發(fā)公司的小核酸遞送系統,RAG-01的治療能夠顯著(zhù)抑制動(dòng)物模型中膀胱癌腫瘤的生長(cháng),并展示充分的安全性。
圖4全球范圍開(kāi)發(fā)的saRNA相關(guān)腫瘤靶點(diǎn)進(jìn)展(文獻舉例)
圖片來(lái)源:MolecularTherapy:NucleicAcidsVol.31March2023
04
saRNA技術(shù)布局公司
當前,基于saRNA技術(shù)進(jìn)入臨床的產(chǎn)品極少,從而對應的開(kāi)發(fā)公司也相對不多。
如上所述的MTL-CEBPA,原研單位為T(mén)heUniversityofTexasSouthwesternMedicalCenter,其在藥物研發(fā)領(lǐng)域的布局較廣,技術(shù)類(lèi)型涉及小分子化藥、aav產(chǎn)品、RNA產(chǎn)品等,疾病領(lǐng)域集中于腫瘤和神經(jīng)系統。另,MiNATherapeutics公司的pipeline對MTL-CEBPA相關(guān)信息進(jìn)行了重點(diǎn)介紹,具體如該品種的AACR年會(huì )公開(kāi)信息、臨床Ib期對實(shí)體瘤的聯(lián)合治療、單藥用于肝癌治療的I期臨床等。
圖5MiNATherapeutics聚焦的疾病領(lǐng)域與開(kāi)發(fā)項目
圖片來(lái)源:https://minatx.com/pipeline/#section_three
值得一提的是,RAG-01的開(kāi)發(fā)公司中美瑞康,其技術(shù)重點(diǎn)布局于saRNA,在國內以及國外均處于領(lǐng)先地位。
其研發(fā)管線(xiàn)聚焦于目前尚無(wú)靶向治療藥物的疾病,包括單基因遺傳?。ɡ缁蛲蛔儗е碌膯伪扼w劑量不足)。對于這些疾病,RNA激活通過(guò)增強轉錄來(lái)補償或消除基因活性的損失。借助于全球領(lǐng)先的SCAD?,LiCO?,和GLORY?遞送平臺技術(shù),中美瑞康布局了多樣化的管線(xiàn)項目,涵蓋中樞神經(jīng)系統、神經(jīng)肌肉、眼科、肝臟和腫瘤等疾病治療領(lǐng)域。
圖6中美瑞康-pipeline
圖片來(lái)源:https://cn.ractigen.com/pipeline/
05
結語(yǔ)
新技術(shù)的開(kāi)發(fā)與推進(jìn),是新藥領(lǐng)域前進(jìn)的要素之一,saRNA無(wú)疑滿(mǎn)足這一點(diǎn),尤其是從基因治療的角度來(lái)看。
RNA激活技術(shù)在存在較大潛力的同時(shí),同樣存在著(zhù)諸多問(wèn)題,如不成熟的激活序列篩選、穩定性較差的人工合成saRNA、目標基因的激活效果不佳、不同細胞調控方式的差異性、很難滿(mǎn)足腫瘤組織長(cháng)周期的抑制作用等等。
但上述存在的技術(shù)問(wèn)題很難阻止saRNA的開(kāi)發(fā)與發(fā)展,且已有顯著(zhù)的研究成果產(chǎn)生,并獲得資本方的認可。未來(lái)幾年,該領(lǐng)域很大可能會(huì )快速產(chǎn)出部分產(chǎn)品,但更期待的無(wú)疑是最終的臨床數據。
參考資料:
1.中國血液流變學(xué)雜志.2022;32(1).doi:10.3969/j.issn.1009-881X.2022.01.035
2.MolecularTherapy:NucleicAcidsVol.31March2023.doi.org/10.1016/j.omtn.2022.12.016.
3.TUMORVol.39,January2019.DOI:10.3781/j.issn.1000-7431.2019.55.495
4.JournalofChineseOncology,2019,Vol.25,No.9.doi:10.11735/j.issn.1671-170X.2019.09.B012
5.https://cn.ractigen.com/about-us/
6.https://cn.ractigen.com/pipeline/
7.https://minatx.com/
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