近日，國際醫學(xué)期刊《癌癥研究》刊發(fā)四川大學(xué)華西醫院院長(cháng)李為民教授及謝丹教授團隊相關(guān)研究文章，該研究整合染色質(zhì)開(kāi)放測序（ATAC-seq）、全基因組測序、轉錄組測序技術(shù)，通過(guò)對50例非小細胞肺癌組織開(kāi)展多組學(xué)測序，發(fā)現了不同病理類(lèi)型的肺癌具有各自獨特的染色質(zhì)開(kāi)放區域特征。李為民表示，這揭示了肺癌復雜的基因調控網(wǎng)絡(luò )，對未來(lái)開(kāi)發(fā)新的肺癌靶向藥物奠定了重要基礎，有助于推動(dòng)建立新的肺癌治療方法和干預模式。
李為民介紹，近年來(lái)，肺癌基因組測序研究已揭示部分基因突變與肺癌之間的關(guān)聯(lián)，但仍有一部分肺癌患者沒(méi)有明顯的驅動(dòng)基因突變，而是在表觀(guān)遺傳層面發(fā)生了改變。其中，染色質(zhì)開(kāi)放區域是一項重要的表觀(guān)遺傳學(xué)特征；開(kāi)放染色質(zhì)的存在往往意味著(zhù)相應DNA調控元件的激活，可以調控下游基因表達。鑒于復雜的基因調控模式，整合基因組、轉錄組、表觀(guān)遺傳組等多組學(xué)數據，從多層面揭示肺癌復雜的基因調控網(wǎng)絡(luò )具有重要意義。
研究發(fā)現，肺鱗癌特有的開(kāi)放區域出現在上皮細胞角質(zhì)化過(guò)程有關(guān)的基因周?chē)?；早期肺腺癌特有的開(kāi)放區域出現在與預后有關(guān)的基因周?chē)?。而且，研究者在肺癌樣本中發(fā)現了一些較寬的開(kāi)放區域分布，這些特殊的開(kāi)放區域主要在基因的轉錄起始位點(diǎn)附近出現富集，他們不但表現出癌種特有的分布特征，還與基因表達的混亂程度相關(guān)。這一現象提示，寬開(kāi)放區域可能參與了腫瘤基因調控紊亂的過(guò)程。
該研究發(fā)現了21個(gè)與基因組開(kāi)放區域及轉錄本表達調控有關(guān)的數量性狀座位。研究還證實(shí)了此前肺癌全基因組關(guān)聯(lián)分析研究中提出的，與肺癌風(fēng)險相關(guān)的位點(diǎn)參與基因組調控網(wǎng)絡(luò )的模式。這些調控位點(diǎn)及調控模式，可以作為肺癌診斷及藥物設計的靶標，指導肺癌的精準化治療。
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