意大利的研究人員近日開(kāi)發(fā)出一種簡(jiǎn)單可靠的方法，可通過(guò)簡(jiǎn)單的抽血來(lái)分析循環(huán)腫瘤細胞（CTC）中的全基因組拷貝數改變，有助于預測癌癥治療的反應。與傳統方法相比，這種單管的操作方案在確保準確性的同時(shí)降低了成本，為液體活檢帶來(lái)了可能。
染色體不穩定性及相關(guān)的染色體畸變是癌癥的標志之一，在疾病進(jìn)展和耐藥性中起到關(guān)鍵作用。最近在多個(gè)癌癥類(lèi)型上開(kāi)展的多個(gè)研究結果表明，這些畸變的模式與不同藥物的反應或耐藥性有關(guān)，包括經(jīng)典的化療、PARP抑制劑和免疫檢查點(diǎn)抑制劑。
為了選擇靶向療法并克服耐藥性，近年來(lái)人們開(kāi)始轉向單細胞基因組分析。他們開(kāi)發(fā)出一些方法來(lái)擴增基因組DNA，以便生成全基因組測序（WGS）的文庫。不過(guò)，大多數方案都比較復雜，耗時(shí)長(cháng)，不利于未來(lái)的臨床應用。
這項研究的通訊作者Nicolò Manaresi博士解釋說(shuō)：“人們已經(jīng)開(kāi)發(fā)出各種分析方法來(lái)分析拷貝數的變化。不過(guò)，它們在重復性、穩定性和可擴展性上不大適合CTC的臨床應用。我們?yōu)榉治鰡蝹€(gè)癌細胞的全基因組拷貝數改變提供了一種簡(jiǎn)單而經(jīng)濟的方法。”他也是Menarini-Silicon Biosystems公司的首席科學(xué)家。
研究人員利用連接介導的PCR（LM-PCR）全基因組擴增方法，開(kāi)發(fā)出一種單管單步的簡(jiǎn)化方案，適用于Ion Torrent平臺上的基因組測序。這項成果發(fā)表在《PLOS ONE》在線(xiàn)版上。
為了證明此流程在臨床上的可行性，研究人員從前列腺癌或肺腺癌患者的血液中分離出循環(huán)腫瘤細胞和白細胞，并開(kāi)展分析。結果表明，這個(gè)流程能夠準確地生成單細胞的全基因組拷貝數圖譜，并檢出拷貝數的改變，分辨率低至100 kb。它減少了檢測的時(shí)間，在提高通量的同時(shí)降低了成本。 、
“與廣泛應用的aCGH方法相比，我們的方法能夠降低分析成本，同時(shí)提供相當或更出色的表現，”Manaresi博士說(shuō)。“隨著(zhù)NGS技術(shù)的進(jìn)步和測序成本的下降，我們的方案將進(jìn)一步降低拷貝數分析的成本，為在液體活檢中研究癌癥異質(zhì)性鋪平道路。”
目前，Menarini-Silicon Biosystems公司已經(jīng)推出了商業(yè)化的產(chǎn)品Ampli1? LowPass 試劑盒。此外，這家公司生產(chǎn)和銷(xiāo)售DEPArray NxT，一種基于圖像的細胞分選和分離系統，讓研究人員能夠以單細胞分辨率對活細胞和固定細胞進(jìn)行分子分析。2017年，Menarini-Silicon Biosystems還收購了與CELLSEARCH CTC系統相關(guān)的資產(chǎn)和業(yè)務(wù)，對多個(gè)系統進(jìn)行整合。
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